學(xué)科建設(shè)中國科學(xué)院沈陽應(yīng)用生態(tài)研究所(前身中國科學(xué)院林業(yè)土壤研究所)成立于1954年，是以林業(yè)、土壤、植物、微生物與環(huán)境科學(xué)為基礎(chǔ)的綜合性應(yīng)用生態(tài)學(xué)研究機構(gòu)。現(xiàn)有國家杰出青年基金獲得者2人，國家優(yōu)秀青年基金獲得者9人。
研究所下設(shè)土壤養(yǎng)分管理國家工程實驗室（共建）、污染土壤生物-物化協(xié)同修復(fù)技術(shù)國家地方聯(lián)合工程實驗室、中國科學(xué)院森林生態(tài)與管理重點實驗室、中國科學(xué)院污染生態(tài)與環(huán)境工程重點實驗室、中國科學(xué)院綠色肥料工程實驗室、遼寧省穩(wěn)定同位素技術(shù)重點實驗室、遼寧省環(huán)境計算與可持續(xù)發(fā)展重點實驗室、遼寧省現(xiàn)代保護性耕作與生態(tài)農(nóng)業(yè)重點實驗室；擁有中國科學(xué)院長白山森林生態(tài)系統(tǒng)定位研究站（國家野外觀測站、CERN重點站），中國科學(xué)院沈陽生態(tài)實驗站（國家野外觀測站、CERN重點站），中國科學(xué)院會同森林生態(tài)實驗站（國家野外觀測站、CERN重點站），中國科學(xué)院清原森林生態(tài)實驗站（國家野外觀測站、CERN重點站），烏蘭敖都荒漠化實驗站（國家林業(yè)局荒漠化監(jiān)測中心之一），大青溝生態(tài)研究站，額爾古納森林草原過渡帶生態(tài)系統(tǒng)研究站，沈陽樹木園和東北生物標(biāo)本館。研究所編輯出版《應(yīng)用生態(tài)學(xué)報》和《生態(tài)學(xué)雜志》兩個國家級核心期刊及《Ecological Processes》國際期刊（SCI收錄）。
研究所為1981年國務(wù)院學(xué)位委員會首批批準(zhǔn)的博士學(xué)位點?，F(xiàn)有生態(tài)學(xué)、土壤學(xué)、微生物學(xué)、環(huán)境科學(xué)等4個博士學(xué)位點；生態(tài)學(xué)、土壤學(xué)、微生物學(xué)、環(huán)境科學(xué)、植物學(xué)、森林培育學(xué)等6個學(xué)術(shù)型碩士學(xué)位點及資源與環(huán)境、生物與醫(yī)藥兩個專業(yè)型碩士學(xué)位點。另設(shè)有生態(tài)學(xué)和農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境兩個一級學(xué)科博士后流動站。
